Nejzávažnějším rizikovým faktorem u pacientů s nekrotizující pankreatitidou je vznik bakteriální infekce. Objevuje se u 40-70 % pacientů a výrazně ovlivňuje jejich prognózu. Mezi nejčastější etiologická bakteriální agens patří gram-negativní bakterie (65 %), především kmeny Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Proteus sp., Klebsiella sp. a Enterobacter sp., dále pak Staphylococcus aureus a anaerobní bakterie. Jako vhodné preparáty k antibioterapii se jeví karbapenemy, fluorochinolony a piperacilin/tazobactam. Úloha profylaktického podávání antimikrobních preparátů může spočívat v redukci infekčních komplikací, ale tento předpoklad zůstává nadále otevřeným pro další diskusi.