34
PROGRAMME AND ABSTRACT BOOK
ABS TRAC T BOOK
were used for analysis of combined effect of rosiglitazone
and oxaliplatin. The most effective approach appeared to
be rosiglitazone pre-treatment, which was then used for
analyses of combined effect in human colon (HT-29) and
prostate (BPH-1 CAFTD 03) cancer cell lines. Combination of
rosiglitazone with oxaliplatin arrested cells in G2/M phase of
the cell cycle, enhanced apoptosis, and increased cell cycle
related (cyclin B, p21
Waf1/Cip1
etc.) and DNA damage protein
expression (p-H2AX, Chk2, ATM, ATR, etc). Interestingly, after
24 hours rosiglitazone slightly supported BrdU (5-bromo-2-
deoxyuridine) incorporation into the nucleus. We suggest that
increased percentage of active BrdU cells by rosiglitazone may
support the effects of oxaliplatin.
Next, we evidenced that MDM protein is particularly
involved in PPARγ signalling in prostate cancer cells. Importantly,
we found positive correlation between protein expression in
prostate cell line and patient prostate tumour samples. MDMX
and PPARγ protein expression were decreased after combined
rosiglitazone and oxaliplatin treatment in prostate but not in
colon cancer cells. Protein expression of tumour suppressor
p53, which is mutated or nonfunctional in our tested cell lines,
was not changed either in prostate or in colon cancer cells
after this treatment.
Our results bring new knowledge of molecular mechanisms
of platinum-based drugs and specific PPARγ ligand effects
in prostate and colon cancer cells. Cooperative effects
of oxaliplatin and rosiglitazone particularly on regulation
of cell cycle and cell death were described. Moreover, we
demonstrated important differences of specific protein
expression both in cancer cell lines and clinical samples from
cancer patients.
This work was supported by grant of Internal Grant Agency
of Ministry of Health of the Czech Republic No. NT 11201-5/2010,
grant Czech Science Foundation No. 13-09766S,
grant FNUSA-ICRC European Regional Development Found no.
CZ.1.05/1.1.00/02.0123, grant CZ.1.07/2.4.00/31.0155 and project
MUNI/A/0927/2013.
Diagnostika somatických mutací v éře NGS
Fedič R.
GeneTiCA s.r.o., Praha
Do diagnostiky somatických mutací se kromě zavedených
technologií, jako je hybridizace nebo RT-PCR, začínají prosazo-
vat nové technologie. Kromě digitální PCR je to pak zejména
NGS, která umožňuje hluboké sekvenování vybraných úseků
genů či celých genů. Dostupná NGS řešení umožňují prová-
dět rutinní diagnostiku a v případě využití rozšířených panelů
i studie zaměřené na nové potenciální cíle. Představujeme
řešení firmy Multiplicom, která nabízí diagnostické kity CE IVD
s použitím na sekvenátoru MiSeq Illumina.
Multiplicom nabízí panely pro diagnostiku somatických
mutací jak z biopsií, tak i z parafinových řezů. Panel SOMATIC1
zahrnuje geny KRAS, NRAS a BRAF. Jedná se o triplex, ale panel
lze rozdělit a pak diagnostikovat zvlášť plex 1 (KRAS, NRAS aE15
BRAF) a plexy 2 a 3 (BRAF). Pro nemalobuněčné karcinomy plic
je pak určen kit EGFR (exony 18–21). Panel GIST pro diagnostiku
gastrointestinálního tumoru pak cílí na geny cKit a PDGFR-α.
Celé řešení je založeno na dvou PCR reakcích. Výhodou je
možnost panely kombinovat a sekvenovat vše v jednom běhu.
U diagnostiky somatických mutací je důležitá citlivost me-
tody. U technologie NGS dosahujeme požadované citlivosti
pomocí vysokého počtu čtení. Kapacita sekvenátoru MiSeq
nám v kombinaci s volbou vhodného sekvenačního čipu umož-
ní dosáhnout ekonomicky rozumné ceny v závislosti na počtu
vzorků a počtu a velikosti sekvenovaných genů.
